Сертифициращ орган контролира стандартите за издаване на сертификати и процедурите за добри земеделски практики. Той има за цел да увеличи доверието на потребителите в безопасността на храните чрез разработване на добри земеделски практики, които трябва да бъдат приети от производителите. Фокусът на сертифициращия орган е върху безопасността на храните и проследимостта, въпреки че също така включва някои изисквания по отношение на безопасността на работниците, здравето и хуманното отношение към тях, както и опазването на околната среда. Често сертификатът обхваща процеса на сертифицирания продукт от преди семената да се засадят до напускането на фермата. В момента се използват различните частни стандарти в хранително-вкусовата промишленост. Някои примери на стандарти за сертифициране: BRC, IFS, GlobalGAP