Un organisme de certification contrôle les normes et les procédures de certification nécessaires pour les bonnes pratiques agricoles. Ces organismes veulent augmenter la confiance des consommateurs dans la sécurité alimentaire en développant des bonnes pratiques agricoles qui doivent être adoptées par les producteurs. Un organisme de certification se focalise sur la sécurité et la traçabilité alimentaires, mais il fixe également certaines exigences par rapport à la sécurité et le bien-être  des employés et à la protection de l’environnement. Souvent, le certificat couvre le processus tout entier du produit certifié, c’est-à-dire d’avant la plantation de la graine jusqu’au moment où le produit quitte  la ferme.
Dans l’industrie agroalimentaire, on utilise actuellement différentes normes privées, comme les normes de BRC, IFS, GlobalGAP